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判断亲生关系的理论依据是孟德尔遗传的分离出来律。按照这一规律,在配子细胞构成时,交替的等位基因彼此分离出来,分别转入各自的配子细胞。精、卵细胞受精卵构成子代,孩子的两个基因组一个来自母亲,一个来自父亲;因此同对的等位基因也就是一个来自母亲,一个来自父亲。检验结果如果合乎该规律,则不回避亲生关系,若不合乎,则回避亲生关系(变异情况除外)。
在大多数的情况下,母、子关系是未知的,拒绝检验假设父和孩子否亲生关系。此时首先从母、子基因型的对比中,可以确认孩子基因中有可能来自父亲的基因(生父基因,OG)。然后仔细观察假设父亲的基因型,如果不具备生父基因,则可回避假设父与孩子的亲生关系。
若假设父也具备生父基因,结果就无法回避假设父的亲生关系,假设某案例中母亲是FGA-22/23型,孩子为22/25型,从较为中可确认生父基因是FGA-25。此案中假设父1为FGA-22/24型;假设父2为24/25型。其中假设父1不具备生父基因25,故可回避他与孩子的亲生关系;相比之下,假设父2因具备FGA-25,不回避与孩子有亲生关系。
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